Достижения в области секвенирования ДНК и огромные объемы геномных данных, получаемые с помощью технологии секвенирования следующего поколения (NGS), создали возможность для стартапов по созданию программного обеспечения для биологов, чтобы им было легче анализировать эти большие данные и делать следующий шаг. Это может помочь, когда дело доходит до разработки новых вакцин, методов лечения рака и т. д.
В течение последних четырех лет MiLaboratories, стартап из Сан-Франциско с научно-исследовательским центром в Бильбао, Испания, создавал платформу вычислительной биологии, чтобы биологам было проще обрабатывать, анализировать и агрегировать свои данные. Она включает в себя такие функции, как визуализация данных и генеративный ИИ, чтобы повысить удобство использования.
Его платформа также разработана как торговая площадка для других ученых, чтобы они могли распространять более специализированные вычислительные инструменты в форме приложений, чтобы продолжать расширять полезность для сообщества исследователей геномики. MiLaboratories нацелены на ученых, чьи навыки охватывают биологию, информатику и математику — так называемых биоинформатиков.
"Это подход в стиле 'без кода' для биологов and«Мы также выпускаем [открытый исходный код] SDK — комплект для разработки программного обеспечения, — позволяющий биоинформатикам создавать реальные приложения», — рассказал генеральный директор Стэн Пославски TechCrunch.
«Во время моей научной карьеры и карьеры наших основателей мы увидели огромную неэффективность… в том, как разрабатываются современные методы лечения, современные лекарства», — объясняет он. «Из-за этого трения между данными — большими данными, созданными биологами, данными секвенирования — и анализом данных, который им недоступен».
Хотя существуют «тысячи» По его словам, большинство программ и инструментов, которые могут анализировать данные NGS, были разработаны в академических кругах, где основное внимание уделяется полезности, а не удобству использования.
Также биологам необходимо объединять и интегрировать результаты нескольких анализов, говорит он. «В единой картине, позволяющей вам понять, что происходит. И вот тут-то наша платформа и помогает», — предполагает он.
Стартап надеется, что его платформа освободит биоинформатиков от необходимости заниматься рутинной работой по обработке геномных данных, чтобы эти междисциплинарные ученые могли применять свои навыки для решения более сложных задач по созданию алгоритмов, которые могут помочь продвинуть передовую науку.
«Биоинформатики на самом деле тратят много времени, просто выполняя рутинную работу по запуску программного обеспечения для биологов», — говорит Пославски. "Чтобы обработать эти данные, вам понадобятся машины Linux, подключение по SSH, запуск сложных программных инструментов для проведения анализа и извлечения информации из данных."
"[У врача] нет навыков, чтобы делать это на Linux, на HPC [высокопроизводительном вычислительном] кластере, потому что у него есть другие дела. И это то, что большинство биоинформатиков в компаниях и академических кругах делают, на самом деле, просто ежемесячную работу по запуску инструментов."
Команда основателей MiLaboratories, со Стэном Пославски вторым слеваКредиты изображений:MiLaboratories
В четверг MiLaboratories официально представила свой SDK, Platforma.bio, который позволяет сторонним разработчикам вносить приложения — хотя он уже несколько лет находится в стадии альфа- и бета-тестирования. (Пославски говорит, что «около 300 лабораторий» используют бета-версию, и «около 20» приложений стали доступны через платформу на данный момент.)
«Первые приложения, доступные на платформе, созданы на основе наших биологических и биоинформатических приложений, которые очень популярны… [среди] компаний и людей, занимающихся разработками в области иммунотерапии. Но у нас уже есть… хороший выбор совместных проектов и людей, желающих разместить свои приложения на платформе, как из академических кругов, так и из промышленности», — он добавляет.<стр>Стартап, основанный в 2021 году, также объявляет о раунде финансирования серии A на сумму 10 миллионов долларов для продолжения разработки с упором на инвестиции в построение сообщества.
"Основная причина сбора средств — просто включить больше рук в разработку нашей платформы. Мы нанимаем больше инженеров. Мы нанимаем так называемых сторонников разработчиков, которые распространяют технологию в первую очередь в академическом сообществе, потому что большая часть программного обеспечения для биоинформатики разрабатывается в академических кругах"
"В следующем году [мы] сосредоточимся на распространении технологии в сообществе и привлечении сообщества к созданию их приложений, упаковке их существующего программного обеспечения и их доставке через платформу" добавляет он.
MiLaboratories' Серию A возглавляет базирующийся в Мадриде фонд Kfund при участии Acrobator Ventures, EGB Capital, Courtyard Ventures, Somersault Ventures, Speedinvest и Ten13.<стр>Комментируя свое заявление, Мигель Ариас, генеральный партнер Kfund, сказал: «Инвестирование в платформы, которые сокращают разрыв между разработчиками (в данном случае биоинформатиками) и бизнес-пользователями (в данном случае биологами), лежит в основе того, что мы хотим сделать в нашем фонде. Существует огромный потенциал в демократизации доступа к сложным данным, позволяющим предоставлять иммунологические идеи».
MiLaboratories предлагает свое программное обеспечение бесплатно для ученых, но также получает доход через платную модель для коммерческих пользователей. По словам Пославски, на данном этапе стартап приближается к 100 платящим клиентам.
«Многие крупные фармацевтические компании, такие как Moderna, Bristol-Myers Squibb, являются нашими клиентами», — отмечает он, добавляя: «У нас есть доход — хороший доход — что позволяет нам не так сильно зависеть от венчурных денег». <стр>В начале 2022 года стартап привлек посевной раунд в размере 2,5 миллиона долларов. Ранее он также принимал небольшое предварительное финансирование от нескольких бизнес-ангелов.
Обсуждая проблемы разработки платформы вычислительной биологии, Пославски говорит, что ошеломляющий объем данных, генерируемых NGS, означал, что стартапу пришлось уделять очень пристальное внимание обеспечению эффективности обработки, чтобы избежать создания «сумасшедших затрат».
«Объем данных, генерируемых в этой области, на самом деле, ну, сумасшедший», — подчеркивает он. «Крупные фармацевтические компании, наши клиенты… у них уже сгенерированы петабайты генетических данных. Так что это огромный масштаб».
MiLaboratories разработала то, что Пославски называет «очень сложной» и «математически доказанная» технология, которая позволяет выполнять многие виды вычислений «очень оптимизированным способом». Он предполагает, что эта запатентованная технология позволяет платформе достичь 10-кратной эффективности по сравнению с некоторыми другими типами вычислительных рабочих процессов.
«Это очень важная вещь. Она скрыта от глаз биолога — потому что ценное предложение для биолога — это «я хочу нажимать кнопки и получать информацию», — но это очень важно для владельцев бизнеса».
С точки зрения конкуренции Пославский называет Seqera (и ее программное обеспечение Nextflow) ближайшим конкурентом — с точки зрения популярности и ценностного предложения. Существуют также инструменты с открытым исходным кодом для обработки NGS, такие как Galaxy, но MiLaboratories считает, что ее платформа предлагает исследователям более доступный путь к анализу данных.
